商周时期，印江为荆州西南裔。春秋时期，为楚国之西南境黔中地。战国，置黔中郡，为黔中郡属地。秦统一后，印江仍属黔中郡。汉高祖五年（公元前202年）属武陵郡，隶荆州。东汉时复称武陵郡，领县12县，武陵郡西界在今印江。三国时，印江属涪陵郡万宁县。两晋、南北朝时，隶梁州、黔州。隋朝时，属巴东郡。唐武德四年（公元621年）在务川设务州，贞观四年（630年）改务州为思州，印江又先后隶务州和思州。唐开元四年（716年），在印江设思邛县，印江置县始于此。天宝元年（742年）改思州为宁夷郡，乾元元年（758年）复称思州，辖务川县、思王县、思邛县。宋时为思州地邛水县。思州系少数民族聚居地，元符三年（1100年），邛水始建厥宅蛮夷长官司。宋宣和四年（1122年），有蕃部长田佑恭归附朝廷，以思州地赐封土官，世袭其地。宋建炎元年（1127年）印江地改隶夔州路。元代的元元年（1264年）改思邛为思邛长官司，到元二十一年（1284年），改隶顺元路。至元二十九年（1292年）改隶湖广行省。明代思州、思南两宣慰司仍系田氏世袭，其时思州治所设龙泉坪，辖思邛江长官司。洪武十年（1377年），思州田儒铭征朗水十五洞，始置朗溪蛮夷长官司。洪武十五年（1382年）厥宅并入朗溪蛮夷长官司，隶思州宣慰司。永乐十一年（1413年）贵州设布政使司。清道光十年（1830年），朗溪司并入印江县。民国三年（1914年），思南撤府，印江县属黔东道，即镇远道。民国十二年（1923年）受辖于贵州省。民国二十四年（1935年），贵州设11个行政督察区，印江属第六行政督察区，专员公署驻思南。民国二十六年（1937年）属第一行政督察区，专员公署驻镇远。从民国二十九年（1940年），印江全县分为5个区，26个联保，208个保，2225个甲，27273户，176862人。民国三十二年（1943年），印江受第六行政督察区管辖，专员公署设在铜仁，直到新中国成立。

 1949年11月，印江解放。1950年2月成立中共印江县委、县人民政府。全县设4个区，15个乡，称乡公所。属铜仁专区管辖。1952年12月，在开展民主建政时，全县设93个乡，其行政机关改称乡人民政府。1956年2月，全县调整为53个乡，乡人民政府改称乡人民委员会。1958年10月，以乡为单位成立45个人民公社管委会。 1959年初，取消了区的建制，45个公社管委会改为41个管理区，1961年12月，将41个管理区改成人民公社管理委员会，增设了城关、先锋、两河、甘溪人民公社管理委员会，重设玉屏、庙坪两个人民公社管理委员会共47个社的建制。此后虽经文革动荡，但47个社（镇）建制未变。1983年12月，改称为革委会。 1984年1月，在综合体制改革中又撤消了人民公社建制，恢复乡人民政府。全县设8个区（镇）、46个乡（镇）。

1986年12月13日经国务院批准，撤销印江县，设立印江土家族苗族自治县，以原印江县行政区域为印江土家族苗族自治县行政区域。自治县设7个区，一个区级镇（印江镇，后改为峨岭镇），366个村，3022个村民组。1992年，全县按照贵州省人民政府“关于印江土家族苗族自治县建镇并乡撤区、行政区划变更的批复”的通知精神，开展了撤区并乡工作，设峨岭镇（镇政府设在县城）、板溪镇（镇政府设在板溪）、沙子坡镇（镇政府设在沙子坡）、天堂镇（镇政府设在天堂）、木黄镇（镇政府设在木黄）、合水镇（镇政府设在合水）、朗溪镇（镇政府设在朗溪）、缠溪镇（镇政府设在缠溪）、洋溪镇（镇政府设在洋溪）共9个建制镇和中坝乡（乡政府设在中坝）、刀坝乡（乡政府设在刀坝）、新业乡（乡政府设在新业）、永义乡（乡政府设在永义）、杉树乡（乡政府设在杉树）、新寨乡（乡政府设在新寨）、罗场乡（乡政府设在罗场）、杨柳乡（乡政府设在杨柳）8个乡。辖347个行政村，8个居委会。2010年时，全县仍为9镇8乡17个乡（镇），365个行政村，9个（社区）居委会，3061个村民组。

2015年，印江撤乡建镇、撤镇划街道，现有17个乡镇（街道），其中3个街道（龙津街道、峨岭街道、中兴街道）、13个镇（木黄镇、紫薇镇、合水镇、朗溪镇、板溪镇、沙子坡镇、天堂镇、杉树镇、刀坝镇、缠溪镇、洋溪镇、杨柳镇、新寨镇）和1个乡（罗场乡）。